Tham gia chính phủ Quốc gia Việt Nam

Để tồn tại, các đảng viên Đại Việt chấp nhận hoạt động dưới sự thỏa hiệp của người Pháp, bấy giờ cũng muốn gây chia rẽ để làm suy yếu lực lượng chống Pháp và tập hợp dưới "Giải pháp Bảo Đại" có tính chất thỏa hiệp hơn. Đại Việt nhân cơ hội này tham gia Liên minh Quốc gia, vận động cựu hoàng Bảo Đại tiến đến sự thành lập Quốc gia Việt Nam. Năm đảng viên Đại Việt chiếm 5 trong số 19 ghế Nội các trong chính phủ đầu tiên của Quốc gia Việt Nam:[13]

1. Lê Thăng, Bộ trưởng Ngoại giao
2. Phan Huy Quát, Bộ trưởng Giáo dục
3. Nguyễn Tôn Hoàn, Bộ trưởng Thanh niên
4. Đặng Trinh Kỳ, Tổng Thư ký Chính phủ
5. Nguyễn Hữu Trí Thủ hiến Bắc phần.

Sự chia rẽ giữa các Xứ bộ

Trên thực tế, từ sau khi Đảng trưởng Trương Tử Anh mất tích, hoạt động của Đảng bắt đầu có sự phân hóa và xu hướng phân ly cũng bắt đầu xuất hiện. Mâu thuẫn về cách thức tổ chức và hoạt động giữa các lãnh đạo trung ương dẫn đến việc ai về xứ bộ ấy và lãnh đạo Xứ bộ hoạt động theo những đường lối riêng rẽ. Tại miền Bắc, sau cái chết của Bác sĩ Đặng Vũ Lạc năm 1948, tổ chức của Xứ bộ Bắc Việt tan ra thành nhóm nhỏ không hoạt động chung nhau. Tại Xứ bộ Trung Việt, năm 1950 Hà Thúc Ký thay Bửu Hiệp làm Xứ trưởng, tuy nhiên tổ chức của Xứ bộ Trung Việt vẫn giữ nguyên như trước. Tại Nam Việt, ngay từ năm 1948, Xứ bộ Nam Việt đã cho thành lập lực lượng Thanh niên Bảo quốc Đoàn để xây dựng lực lượng nòng cốt trong tương lai.[17] Tuy nhiên, sự thống nhất của Đại Việt Quốc dân Đảng hầu như đã chấm dứt.

Bị chính quyền Ngô Đình Diệm trấn áp

Sau Hiệp định Genève, hầu hết đảng viên và các cơ sở của Đại Việt đều dời vào miền Nam. Bấy giờ, Đại Việt đã trở thành đảng phái chính trị Quốc dân có lực lượng hùng hậu.

Tuy nhiên, lo ngại trước viễn cảnh cát cứ, Thủ tướng Ngô Đình Diệm đã lần lượt tiêu diệt các thế lực chính trị đối lập mạnh, trong đó có Đại Việt. Các chiến khu Nguyễn Huệ (Phú Yên) và Châu Đốc đều bị giải tán, chiến khu Ba Lòng (Quảng Trị) bị quân đội tiến đánh khiến tan vỡ. Nhiều lãnh đạo Đảng Đại Việt bị bắt giam, thủ tiêu hoặc phải lưu vong ra nước ngoài.

Dọn sạch mọi thế lực cản trở, Thủ tướng Ngô Đình Diệm thực hiện trưng cầu dân ý, thành lập nền cộng hòa và lên làm Tổng thống. Do thái độ không chấp nhận đối lập của Ngô Đình Diệm, hầu hết các đảng đối lập, trong đó có Đại Việt, hầu như không được tham chính. Bên cạnh đó, những mâu thuẫn giữa các lãnh đạo càng nghiêm trọng, dẫn đến hoạt động của Đảng gần như ngưng hẳn.

Ủng hộ đảo chính

Tuy vậy, các đảng Quốc dân nhiều lần tìm cơ hội trở lại chính trường. Ngày 11 tháng 11 năm 1960, nổi ra cuộc đảo chính quân sự do Đại tá Nguyễn Chánh Thi cầm đầu. Đại Việt cùng với Việt Quốc ra tuyên cáo ủng hộ đảo chính. Tuy nhiên, cuộc đảo chính nhanh chóng thất bại. Để trả đũa, Ngô Đình Nhu đã ra lệnh trấn áp tổ chức của 2 đảng này.

Ngày 27 tháng 2 năm 1962, hai phi công Nguyễn Văn Cử và Phạm Phú Quốc đã bất ngờ ném bom Dinh Độc Lập mưu sát Tổng thống Diệm nhưng không đạt được mục đích. Lấy lý do Đại Việt có liên can trong việc lập kế hoạch cũng như tổ chức việc ném bom, Ngô Đình Nhu một lần nữa thực hiện trấn áp mạnh mẽ đối với tổ chức của Đại Việt.